全世界現存的蕨類植物據估計超過12,000種，臺灣則超過820種。若從島嶼蕨類植物之物種總數來排序，臺灣是世界第五豐富的島嶼。然而，臺灣的蕨類植物近20%遭受到威脅，甚至更危急的滅絕風險，特有物種受到的威脅尤其嚴重。

清華生物資源保種研究中心與辜嚴倬雲植物保種中心多年來攜手進行許多生態保育教學及研究，百蕨園即是兩個單位將蕨類的保育，從根植校園做起並期能逐步擴展至社會大眾。