在清華校園蓋一座奕園是沈君山校長心願，陳文村校長把地點選在南校區自然生態園區。此生態園區有湧泉、溼地、溪流、水草、樹林、蟲鳴鳥叫、甚至候鳥都來此過冬。陳文村校長建議先在這裡蓋個奕亭，再對周圍環境進行造景工程，依原始地形地貌設計，擴大成為奕園。沈君山校長對此非常滿意欣然同意，將其在美國的退休金匯回，共襄盛舉。劉炯朗校長亦募得一筆捐款，贊助興建，其餘不足經費由學校補助。2010年元月奕亭落成啟用。亭上的「奕亭」題字，是集沈君山墨寶而成。

奕亭本身是木造建築，造形古樸簡雅，亭內有棋桌，桌面上刻有棋盤。亭外四周有圍棋基本概念及規則的解說。而周圍景觀，則依循原始地形地貌設計，貼近自然。